বায়তুল মোকাররম জাতীয় মসজিদে শুক্রবার (২০ সেপ্টেম্বর) জুমার নামাজের সময় দুই পক্ষের মধ্যে সংঘর্ষের ঘটনা ঘটে। এই সংঘর্ষের সূত্রপাত হয় মুফতি রুহুল আমিনকে কেন্দ্র করে। আগের খতিব রুহুল আমিনের অনুসারীরা মসজিদে প্রবেশ করার পর নামাজের পেছনে না পড়া নিয়ে উত্তেজনা সৃষ্টি হয়। এর ফলে উভয় পক্ষের মধ্যে হাতাহাতি শুরু হয়, এবং এতে বেশ কয়েকজন মুসল্লি আহত হন।

প্রত্যক্ষদর্শীদের মতে, নামাজ শুরুর আগে বর্তমান খতিব হাফেজ মাওলানা ড. মুফতি ওয়ালিয়ুর রহমান খান বয়ান দিচ্ছিলেন। ঠিক সেই সময় মুফতি রুহুল আমিন তার সমর্থকদের নিয়ে মসজিদে প্রবেশ করেন এবং মাইক্রোফোন ধরে বক্তব্য দেওয়ার চেষ্টা করেন। এতে বর্তমান খতিবের সমর্থকরা বাধা দেয় এবং দুই পক্ষের মধ্যে সংঘর্ষ শুরু হয়। ভেতরে ভাঙচুরও ঘটে এবং পরিস্থিতি দ্রুত খারাপের দিকে যায়।

এই সংঘর্ষের পর মসজিদের সাধারণ মুসল্লিদের মধ্যে আতঙ্ক ছড়িয়ে পড়ে। অনেকে দ্রুত মসজিদ ছেড়ে চলে যান। এ সময় কয়েকজন মুসল্লি আওয়ামী লীগবিরোধী স্লোগান দিতে দিতে মসজিদ থেকে বের হন। এই ঘটনার কিছু ভিডিও সামাজিক যোগাযোগমাধ্যমে ছড়িয়ে পড়েছে, যেখানে দেখা যায়, মাইকে শান্ত থাকার আহ্বান জানানো হলেও উত্তেজিত মুসল্লিরা শান্ত হচ্ছিলেন না।

পরিস্থিতি কিছুটা শান্ত হলে সোয়া একটার দিকে সাধারণ মুসল্লিরা আবার মসজিদে প্রবেশ করেন। সংঘর্ষের পর আইনশৃঙ্খলা বাহিনী এবং সেনাবাহিনীর সদস্যরা দ্রুত মসজিদে উপস্থিত হন এবং পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণে আনেন। জুমার নামাজ শেষে সেনাবাহিনীর পক্ষ থেকে মুসল্লিদের মসজিদ ত্যাগ করার নির্দেশ দেওয়া হয়।

এক মুসল্লি বলেন, "মুফতি রুহুল আমিন শেখ হাসিনার সমর্থক ছিলেন, কিন্তু আওয়ামী লীগ সরকারের পতনের পর তিনি পালিয়ে যান। আজ কেন তিনি ফিরে এলেন তা নিয়ে প্রশ্ন উঠেছে। ধারণা করা হচ্ছে, তিনি পরিবেশকে অস্থিতিশীল করার জন্য এসেছিলেন।" আরেকজন মুসল্লি বলেন, "রুহুল আমিনের উপস্থিতি আরেকটি বিশৃঙ্খলা তৈরির চেষ্টা ছিল, কিন্তু সাধারণ মানুষ তা প্রতিহত করেছেন।"

মুফতি রুহুল আমিন ছাত্র-জনতার অভ্যুত্থানের পর আত্মগোপনে চলে গিয়েছিলেন এবং বর্তমানে মুফতি ওয়ালিয়ুর রহমান খান খতিবের দায়িত্বে রয়েছেন।